Thông tư số 16/2021/TT-BYT áp dụng trong các trường hợp thanh toán chi phí xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định của pháp luật về bảo hiểm y tế (BHYT); người sử dụng dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 tự chi trả và các trường hợp được ngân sách nhà nước chi trả theo quy định của Luật phòng, chống bệnh truyền nhiễm, trừ trường hợp lấy mẫu, bảo quản mẫu, thực hiện và trả kết quả xét nghiệm SARS-CoV-2 tại cộng đồng do ngân sách nhà nước chi trả theo quy định của Luật phòng, chống bệnh truyền nhiễm.

Mức giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 trong trường hợp thuộc phạm vi thanh toán của quỹ BHYT, bao gồm: Xét nghiệm SARS-CoV-2 Ag test nhanh; xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng máy miễn dịch tự động hoặc bán tự động và xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR. Trường hợp xét nghiệm SARS-CoV-2 Ag test nhanh thì bao gồm chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương theo quy định cộng chi phí sinh phẩm xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định tại Thông tư số 16/2021/TT-BYT và mức thanh toán tối đa không quá 109.700 đồng/xét nghiệm.  Trường hợp xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng máy miễn dịch tự động hoặc bán tự động thì giá dịch vụ bao gồm chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương theo quy định cộng chi phí sinh phẩm xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định tại Thông tư 16/2021/TT-BYT và mức thanh toán tối đa không quá 186.600 đồng/xét nghiệm. Trường hợp xét nghiệm SARS-CoV-2 bằng kỹ thuật Realtime RT-PCR: Trường hợp mẫu đơn thì giá dịch vụ bao gồm chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương theo quy định cộng chi phí sinh phẩm xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định tại Thông tư 16/2021/TT-BYT và mức thanh toán tối đa không quá 518.400 đồng/xét nghiệm; trường hợp gộp mẫu thì giá dịch vụ bao gồm chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương theo quy định cộng chi phí sinh phẩm xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định tại Thông tư 16/2021/TT-BYT, trong đó sinh phẩm xét nghiệm được chia đều theo số mẫu gộp, mức thanh toán tối đa không vượt quá mức giá xét nghiệm gộp mẫu theo quy định tại Thông tư số 16/2021/TT-BYT.

Mức giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 trong trường hợp không thuộc phạm vi thanh toán của quỹ BHYT áp dụng đối với các cơ sở khám bệnh, chữa bệnh (KCB) của nhà nước thuộc các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương và các cơ sở KCB trực thuộc các Bộ, cơ quan Trung ương đóng trên địa bàn địa phương, trừ trường hợp các cơ sở KCB trực thuộc Bộ Y tế và các bệnh viện hạng đặc biệt, bệnh viện hạng I thuộc các Bộ, cơ quan Trung ương và các cơ sở y tế công lập thực hiện dịch vụ y tế dự phòng. Việc xác định mức giá thực hiện theo quy định tại Thông tư số 16/2021/TT-BYT, trong đó mức giá bao gồm chi phí trực tiếp và chi phí tiền lương (chưa bao gồm sinh phẩm xét nghiệm) do cấp có thẩm quyền của địa phương quy định nhưng không vượt mức giá tối đa khung giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 theo quy định.

 Trường hợp cơ sở y tế chuyển mẫu bệnh phẩm sang cơ sở y tế đủ điều kiện thực hiện xét nghiệm. Trường hợp người có thẻ BHYT thì thực hiện thanh toán đối với trường hợp chuyển thực hiện dịch vụ cận lâm sàng theo quy định của pháp luật về BHYT, đối với các trường hợp còn lại thanh toán theo mức giá dịch vụ xét nghiệm SARS-CoV-2 của đơn vị thực hiện xét nghiệm theo quy định tại Thông tư số 16/2021/TT-BYT và chi phí mua sinh phẩm xét nghiệm của đơn vị thực hiện xét nghiệm theo quy định của pháp luật về đấu thầu.

Trường hợp lấy mẫu hoặc thực hiện xét nghiệm có sử dụng vật tư, sinh phẩm xét nghiệm được cấp từ nguồn phòng, chống dịch do ngân sách nhà nước bảo đảm, được các cơ quan, tổ chức, cá nhân hỗ trợ, tài trợ, cấp không thu tiền thì cơ sở y tế công lập (kể cả cơ sở KCB) phải trừ chi phí vật tư, sinh phẩm xét nghiệm được hỗ trợ khi thu của người sử dụng dịch vụ, khi thanh toán, quyết toán với cơ quan Bảo hiểm xã hội, với ngân sách nhà nước.  Trường hợp chi phí thực hiện xét nghiệm cao hơn mức giá tối đa quy định, cơ sở y tế công lập được quyết toán vào nguồn kinh phí giao tự chủ và nguồn kinh phí hợp pháp khác của đơn vị.

Thông tư số 16/2021/TT-BYT có hiệu lực thi hành kể từ ngày 10/11/2021 đến hết ngày 31/12/2022.