Theo đó, việc thanh toán chi phí thuốc, vị thuốc, thuốc thang sử dụng tại cơ sở khám bệnh, chữa bệnh và thuốc do cơ sở khám bệnh, chữa bệnh tự chế biến, bào chế phải tuân thủ nguyên tắc chung: Quỹ BHYT thanh toán chi phí thuốc, vị thuốc, thuốc thang sử dụng tại cơ sở khám, chữa bệnh và thuốc do cơ sở khám, chữa bệnh tự chế biến, bào chế căn cứ vào số lượng thực tế sử dụng cho người bệnh, giá mua vào của cơ sở theo quy định của pháp luật về đấu thầu, chi phí hao hụt theo quy định của Bộ trưởng Bộ Y tế và các chi phí khác (nếu có) bảo đảm phù hợp với phạm vi quyền lợi, mức hưởng theo quy định của Luật BHYT và các văn bản hướng dẫn thực hiện. 

Đối với vị thuốc:

Trường hợp cơ sở khám, chữa bệnh mua dược liệu để chế biến, bào chế vị thuốc, Quỹ BHYT thanh toán chi phí dược liệu theo giá mua vào của cơ sở khám, chữa bệnh, cùng chi phí hao hụt trong chế biến, bảo quản, cân chia (nếu có); chi phí phụ liệu làm thuốc; chi phí chế biến, bào chế bao gồm điện, nước, nhiên liệu; chi phí bao bì đóng gói (nếu có); chi phí nhân công thực hiện; chi phí quản lý và chi phí khấu hao máy móc;

Trường hợp cơ sở khám, chữa bệnh mua vị thuốc từ các đơn vị cung ứng, Quỹ BHYT thanh toán theo giá vị thuốc mua vào của vị thuốc và chi phí hao hụt trong bảo quản, cân chia (nếu có).

Đối với thuốc thang có thành phần từ các vị thuốc trong Danh mục vị thuốc ban hành kèm theo Thông tư số 27/2020/TT-BYT, Quỹ BHYT thanh toán chi phí vị thuốc theo quy định; chi phí sắc thuốc khi cơ sở khám bệnh, chữa bệnh thực hiện sắc thuốc tại cơ sở cho người bệnh điều trị nội trú, ngoại trú theo quy định tại Thông tư số 13/2019/TT-BYT; chi phí bao bì đóng gói (nếu có) khi cơ sở khám, chữa bệnh không thực hiện sắc thuốc tại cơ sở cho người bệnh.

Bên cạnh đó, trường hợp thuốc do cơ sở khám, chữa bệnh tự chế biến, bào chế, Quỹ BHYT thanh toán trên cơ sở giá thành sản phẩm, bao gồm chi phí dược liệu theo giá mua vào của cơ sở khám, chữa bệnh hoặc chi phí vị thuốc theo quy định (dược liệu, vị thuốc có trong thành phần của thuốc phải có trong Danh mục Vị thuốc y học cổ truyền ban hành kèm Thông tư số 27/2020/TT-BYT; chi phí hao hụt (nếu có); chi phí tá dược, phụ liệu làm thuốc; chi phí chế biến, bào chế bao gồm điện, nước, nhiên liệu; chi phí bao bì đóng gói; chi phí vật tư, hóa chất, phụ liệu phục vụ hoạt động kiểm tra chất lượng trước khi thực hiện kiểm nghiệm theo Thông tư số 13/2018/TT-BYT (nếu có); chi phí kiểm nghiệm theo Thông tư số 13/2018/TT-BYT; chi phí nhân công thực hiện; chi phí quản lý và chi phí khấu hao máy móc.